A partir de 1904, a igreja era um berçário, sob a administração das Filhas Canossianas da Caridade. No entanto, em 1928, para comemorar o missionário espanhol da Companhia de Jesus, São Francisco Xavier, reconstruiu-se o berçário, passando a ser a actual igreja. A igreja é famosa por ter coleccionado relíquias do missionário referido e relíquias dos 59 japoneses e dos 14 vietnamitas deixados após o incêndio na Igreja de São Paulo ocorrido em 1835. Hoje em dia, ainda está na igreja a estátua de São Francisco Xavier, além disso, também está pendurada, na parede do corredor lateral da igreja, uma estátua da deusa com aparência chinesa abraçando um bebé, que é na verdade uma Virgem Maria Chinesa, sendo um testemunho da integração cultural oriental e ocidental.

A igreja, de cor amarela com leite, há dois andares e o campanário situa-se no topo da fachada da construção, revestindo-se do estilo português. Essa igreja, além da cave principal, também tem duas salas laterais.