国家科技部与澳门特区政府科技委员会在2005年10月签署了《内地与澳门成立科技合作委员会的协议》，透过成立委员会举行定期会议，组织及协调两地有关部门在科技及相关产业上的交流合作，以推动双方在有关领域上的发展。自2021年改组成经科局并新增推动科技创新发展的职能后，上述委员会的澳方联络办公室移至经科局。

自2007年委员会举行第一次会议后，有关会议每年在澳门或内地举行。最近一次为2025年11月于澳门举行的第十九次会议，国家科技部、中央港澳办、澳门中联办、国家卫生健康委、中国科学院、中国工程院、国家自然科学基金委员会、广东省科技厅、珠海市科技创新局、横琴粤澳深度合作区经济发展局等部门，以及澳门的经济财政司司长办公室、经济及科技发展局、科学技术发展基金、教育及青年发展局、药物监督管理局、海事及水务局、环境保护局、邮电局、生产力暨科技转移中心、澳门大学、澳门理工大学、澳门科技大学等机构代表参加了会议。