國家科技部與澳門特區政府科技委員會在2005年10月簽署了《內地與澳門成立科技合作委員會的協議》,透過成立委員會舉行定期會議,組織及協調兩地有關部門在科技及相關產業上的交流合作,以推動雙方在有關領域上的發展。自2021年改組成經科局並新增推動科技創新發展的職能後,上述委員會的澳方聯絡辦公室移至經科局。
自2007年委員會舉行第一次會議後,有關會議每年在澳門或內地舉行。最近一次為2025年11月於澳門舉行的第十九次會議,國家科技部、中央港澳辦、澳門中聯辦、國家衛生健康委、中國科學院、中國工程院、國家自然科學基金委員會、廣東省科技廳、珠海市科技創新局、橫琴粵澳深度合作區經濟發展局等部門,以及澳門的經濟財政司司長辦公室、經濟及科技發展局、科學技術發展基金、教育及青年發展局、藥物監督管理局、海事及水務局、環境保護局、郵電局、生產力暨科技轉移中心、澳門大學、澳門理工大學、澳門科技大學等機構代表參加了會議。